PROGEROİD LAMİNOPATİLERİN MEKANİZMALARI İLE İLGİLİ LMNA VE ZMPSTE24 İÇİN YENİ BİR ceRNA ANALİZİ

Özet

Progeroid sendromlar, cilt yaşlanması (elastin kaybı ve cilt incelmesi), kardiyovasküler problemler, alopesi vb. yaşlılık özelliklerini genç yaşlarda gösteren hastalıklardır. En bilinen progeroid sendromlarından biri Hutchinson-Gilford Progeria Sendromu’dur (HGPS). HGPS, Lamin A/C (LMNA) de novo nokta mutasyonundan kaynaklanır ve sonuç olarak, progerin adı verilen; iç nükleer membranda biriken toksik bir protein üretilir. Çinko Metallopeptidaz STE24 (ZMPSTE24) (insanlarda FACE-1 olarak da bilinir), post-translasyonel modifikasyonlarda önemli fonksiyonlara sahip bir enzimdir. ZMPSTE24 mutasyonları da progeroid sendromlarına neden olabilir. Competing Endogenous RNA, RNA'ların birbirleriyle iletişim kurduğunu ve birbirlerinin ifadelerini ortak mikroRNA (miRNA)lar aracılığıyla düzenlediğini iddia eden nispeten yeni bir hipotezdir. Bu çalışmada, LMNA ve ZMPSTE24 mRNA'ları için bir ceRNA analizi yapılmıştır. İlk olarak miRTarBase'de LMNA ve ZMPSTE24 mRNA'larıyla ilişkili miRNAlar bulundu ve hem güçlü ve hem de daha az güçlü kanıtlara (deneysel bazda) sahip sonuçlar dikkate alındı. Sonra, miRTarBase'de bu miRNAlar ile ilişkili, sadece güçlü kanıtları olan diğer genler seçildi ve bu genlerin hit skorları hesaplandı. En yüksek hit skorlarına sahip olan genlerin moleküler fonksiyonlarının P değerleri (<0,05) için Gene Ontology (GO) Resource GO Enrichment algoritması kullanıldı. LMNA mRNAlarıyla ilişkili transkriptlerin en yüksek hit skoru 3 (BCL2, CCND1, CCND2, CDK6, and EZH2) ve ZMPSTE24 mRNAlarıyla ilişkili transkriptlerin en yüksek hit skoru 2 (CBL, CCND2, CLOCK, EZH2, MAPK14, ve SERP1)’dir. Mevcut literatürde progeroid sendromlarının mekanizmalarını anlamak için ZMPSTE24 transkripleriyle ilişkili ceRNA'lar hakkında bir çalışma yoktur ve bu çalışma LMNA ve ZMPSTE24 mRNAlarıyla bağlantılı ceRNA'lar için yeni bir analiz sunmaktadır.